4综合LOCAL,新手如何学数据分析

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主编:肖洁编辑:冯丽妃校对:何工劳E-mail押news@ 4综合LOCAL 2017年11月16日星期四Tel:(010)62580633 基因大数据深度挖掘面临挑战 ■本报记者彭科峰 作为一种新型基因检测技术,基因测序能从血液或唾液中分析测定基因全序列,预测罹患多种疾病的可能性、个体的行为特征及行为合理性。
基因测序技术能锁定个人病变基因,予以提前预防和治疗。
正因如此,今年华大基因的上市,就引发了资本市场的热烈追捧。
在日前于北京召开的第四届全国功能基因组学高峰论坛上,众多与会专家就基因技术发展方向及面临的机遇与挑战进行了深入交流。
基因测序用途广泛 当前,基因测序相关产品和技术已由实验室研究演变到临床应用。
有学者甚至认为,基因测序技术可能是下一个改变世界的技术,因为在自然界乃至人类世界,基因测序都有着无可替代的作用。
今年5月,由中科院昆明植物所牵头的联合科研团队通过基因组建库与测序等
系列关键技术,攻克了茶树基因组测序难题,在国际上率先获得高质量茶树基因组序列。
中科院昆明植物所研究员高立志坦言,这对揭示决定茶叶适制性、风味和品质以及茶树全球生态适应性的遗传基础,都有重要促进作用。
再比如,华中农业大学张献龙团队对棉花栽培品种和野生品种进行了全基因组重测序,发现棉花在人工选择过程中存在明显的亚基因组不对称选择过程。
“10多年的功能基因组研究发现20多个与重要性状形成有关的基因,这将在棉花分子设计育种中发挥重要作用。
”张献龙团队成员王茂军告诉《中国科学报》记者。
基因测序对人类医学发展也有重要作用。
中科院生物物理所研究员、中科院院士陈润生介绍,基于组学大数据的精准医疗作为划时代的产业,已被各国列入战略规划。
它有着直接解决当前医疗行业面临的诸多困难的潜力,在接下来的几年将会爆发式增长,预计到2018年全球市场规模将达2238亿美元。
基因大数据时代开启 华大基因科技服务原负责人、北京百迈客生物科技有限公司董事长郑洪坤指出,随着基因测序技术的不断发展和成本的大幅下降,以及国家在基因研究领域的大力支持和投入,如今,科学家在基因领域的研究越来越深入,基因大数据的积累越来越多,“全世界累计花费数百亿,已经产出了近20Pb的海量基因数据”。
“测序技术的发展让基因数据以远超摩尔定律的速度在积累,海量数据对科研工作者提出了新的要求。
”中科院北京基因组所研究员章张表示。
章张介绍,据不完全统计,我国生命组学数据产量约占全球的40%,但这些宝贵的数据资源却交给了他人管理,主要原因在于,我国长期缺乏涵盖多组学数据资源的生物大数据中心。
为此,中科院北京基因组所生命与健康大数据中心围绕国家精准医学和重要战略生物资源的组学数据,建立海量生命组学大数据储存、整合与挖掘分析研究体系,并已初步建成生命与健康多组学数据 汇交与共享平台。
亟待深度挖掘与科学解读 与国外相比,目前国内的基因组学、基因测序的推进速度并不慢。
从学术角度看,中科院北京基因组所、农科院基因组所等机构实力雄厚,华大基因、百迈客等一批从事基因测序的相关企业也在逐渐成长。
但在专家们看来,基因组学面临的挑战依然不小,因为随着信息、仪器等各个领域的快速发展,数据总量越来越多,加上各种新指标、参数的加入,数据也变得越来越复杂。
“在海量测序结果面前,数据深度挖掘和解读方面存在的严峻挑战日益明显。
如何在基因大数据时代利用好这些数据资源,已经成为生物科研新时代的重要课题。
”郑洪坤表示。
陈润生也指出,当前,快速积累的数据并未得到高效解读;高度异质化数据之间的整合尚处于起步阶段。
样品端的挑战直接威胁到数据质量。
但他同时表示,“这些挑战往往意味着机遇,大量未解读的数据同时也带来了无限创新的可能。
” 简讯 广州再生医学与健康实验室揭牌 本报讯在近日第十届广州国际干细胞与再生医学论坛上,广州再生医学与健康实验室揭牌。
广州市市长温国辉向中科院院士裴钢颁发广州再生医学与健康实验室理事长聘书。
据悉,中科院广州生物医药与健康研究院参与制定了《广州再生医学与健康实验室实施方案》,该院院长裴端卿担任实验室筹建办主任,于今年6月全面启动实验室的筹建工作。
实验室将重点从基础研究与国际合作、临床研究与转化、产业发展与产业促进等3大板块布局建设全链条的创新协同体系,并将在全球范围内遴选实验室主任,同时面向国内外遴选高水平团队或合作项目等加入实验室。
(朱汉斌徐海) 40余项高科技亮相智慧城市科技酷品展 本报讯2017(天津)智慧城市科技酷品展 暨智趣嘉年华近日在天津滨海新区举行。
展会 集中了全国范围内40件最具代表性的炫酷科 技产品,着重突出“航天强国”和“智慧社会”两 方面智能科技要素。
该活动由天津市滨海新区 主办,北京科技报社(北科传媒)和滨海新区商 务委承办。
据了解,该展览融科技创新与科学普及功 能于一体,分为智慧生活、科普奇幻、高能对战 三大板块。
其中,
“智慧生活”主要呈现智能家 居及其周边领域产品,“高能对战”主打强互动 性展品,而“科普奇幻”的重点则是科普教育展 示及科普实验表演。
本次展览将持续到11月 26日。
(潘希) 8位客籍院士获第二届叶剑英奖 本报讯11月14日,在广东梅州举行的第五届世界客商大会开幕式上,郑时龄、叶嘉安、于起峰、蒲慕明、黄路生、赖远明、吴清平、李蓬等8位客籍中国科学院或中国工程院院士获颁第二届叶剑英奖。
据了解,叶剑英奖由广东省雁洋公益基金会创设。
此次获奖的8位两院院士是祖籍为江西、惠州、梅州等地的客家人(或在梅州出生的人士),他们在神经生物学、建筑学、地理学、食品科学等领域作出了突出贡献。
(朱汉斌徐海) 11月14日,陇县天成镇范家营村金秋果品专业合作社的工作人员在晾晒柿子。
陕西省宝鸡市陇县是国家扶贫重点县,有贫困村103个。
近年来,国家有关部门和各级政府以整体推进的思 路对陇县进行集中帮扶,加速解决基础设施、产业发展、人才素质等“瓶颈”问题。
县里按照产业精准到户、设施精 准到户、保障精准到人的思路推行“菜单式”扶贫模式,采取政府配菜、贫困户点菜、相关部门上菜、绩效考核评 菜,整合涉农资金,实施产业、基础设施、社保三大类
72项“菜单”项目,进行脱贫攻坚。
新华社记者殷刚摄 “挑战杯”大学生学术科技作品决赛在沪举行 本报上海11月15日讯(记者黄辛)第十五届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛今晚在上海大学举行竞赛决赛开幕式。
今年有超过120名专家评委、1万余名来自全国各地的师生、200余名工作人员、4000余名学生志愿者参与大赛终评决赛。
据悉,大赛以“青春新动能·挑战创未来”为主题,提出了“1+2+X”的办赛框架:一项主体赛,“一带一路”国际专项赛和海峡两岸大学生创新挑战训练营两项专项活动,一系列促进大学生创新的外围辅助活动。
据介绍,本届“挑战杯”大赛参加初赛 的共有32个省(区、市)、1739所高校的28594件作品(不含港澳地区)。
经过选拔,共有303所高校的715件作品以及来自香港科技大学、香港中文大学、澳门大学等11所港澳高校的40件参赛作品进入决赛。
另有6个台湾地区的学生创新创业项目通过7月份举行的海峡两岸创新挑战训练营活动获得大赛直通券,在本届“挑战杯”上进行展示交流。
同时,来自乌兹别克斯坦、哈萨克斯坦、白俄罗斯、印度、英国、日本、美国和中国的39个中外创新项目团队同场竞技,展现“
带一路”青年科技创新的风采。
组委会表示,在此次终评中,将采取每件 作品有5位相应领域专家评审的模式,确保竞赛评审工作的科学性和公正性。
此次赛事由共青团中央、中国科协、教育部、中国社科院、全国学联和上海市人民政府共同主办。
据悉,“挑战杯”竞赛已从最初的19所高校,发展到现在覆盖了包括港澳地区在内的全国近2000所高校,吸引了200多万海内外大学生展演竞技;由最初的简单赛制,到现在已形成完善的全国—省—校三级赛制体系。
发现·进展 中科院测量与地球物理所 发现厄尔尼诺日益影响青藏高原质量平衡 据新华社电中科院测量与地球物理研究所专家利 用复主成分分析及小波振周谱等方法,分析了青藏高原 地区质量平衡变化。
其最新成果表明,厄尔尼诺现象已成 为影响青藏高原地区质量平衡的第二大因素。
相关成果 近期以该所大地测量与地球动力学国家重点实验室为第 一单位发表于《冰冻圈》。
分析结果显示,近年来,随着厄尔尼诺现象的加强, 其对青藏高原地区质量平衡变化的影响已跃居第二位, 可解释该地区
16%的质量变化,远超过西风带和拉尼娜 的影响。
这一结论挑战了人们对该地区质量平衡变化的 传统认识,即印度季风和西风带是影响该地区质量平衡 变化的主要气象因素。
青藏高原地区水储量变化对于我国及周边地区经济 发展具有重要意义。
专家认为,青藏高原地区冰川等水资 源变化是大气水汽与地面水资源相互作用交换的结果。
大气环流变化直接影响该地区冰川等水资源质量平衡变 化;反之,该地区质量平衡变化也必然记录了大气环流的 变化过程。
(谭元斌) 中原工学院 制备出新型超级
电容器电极材料 本报讯记者从中原工学院先进材料研究中心了解 到,该中心教授米立伟带领团队,率先通过分子结构的 设计,制备出具有高电子和离子导电性的空心刺球状超 级电容器电极材料。
相关成果日前发表于《应用材料与 界面》杂志。
据悉,超级电容器受电极材料导电性的限制,使得 可逆电化学氧化还原反应仅仅发生在电极材料的表面, 这极大降低了电极材料的利用率。
研究人员通过自生长再牺牲模板法,成功设计制备 出高电子和离子导电性的空心刺球状碱式碳酸镍钴电 极材料,其晶体结构间丰富的金属键为其提供了充足的 电子传输通道,氢氧根和水在其一维链状晶体结构单元 间的穿插为离子的快速传输提供了保障。
测试显示,研究人员设计制备出的碱式碳酸镍钴电 极材料展现出卓越的倍率性能、比容量和长的稳定性。
在电流密度提高
100倍的情况下,电容器容量保持率高 达96.2%;在20安每克的电流密度下,比容量高达108.3 法拉每克;在20安每克下循环10万周,容量保持率高达 85.8%。
因此,该超级电容器电极材料具有很好的工业化 应用前景。
(史俊庭) 西北农林科大 提出互补替代分析法可测生计资本交互作用 本报讯(记者张行勇)近日,西北农林科技大学经济管理学院淮建军团队,通过以黄土高原苹果农户气候变化的生计脆弱性为例,应用线性回归、图论和决策树等方法检验了黄土高原五大生计资本之间的互补替代关系。
相关成果近期在线发表于《全球环境改变人类和政策维度》期刊。
可持续生计框架强调了农户生计资本与适应能力之间的正向关系,但是忽略了资本之间的复杂交互作用。
研究人员运用因子分析法评价了果农对干旱的适应能力。
分析发现生计资本之间可能存在互补性、替代性,或者二者存在;只有互补的生计资本才能增加适应能力。
这项工作证明互补—替代方法有助于增强人们理解生计资本在降低农户脆弱性、增强适应能力政策中的作用。

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