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主编:赵路编辑:唐凤校对:么辰E-mail押lzhao@ 国际 2015年8月11日星期二Tel(押010)625806173 仓库保管员迎来新天地 实验室库存管理从文件夹走向定制数据库 科学线人 全球科技政策新闻与解析 接触秘鲁孤立部落计划惹争议 当MarilynGoudreault收到申请使用被储存在其管理的加拿大多伦多Lunenfeld-Tanenbaum研究所实验室中的质粒的单据时,人们对于她能否兑现,从未有任何疑问。
分享试剂是在同行评议期刊出版论文的先决条件,并且对于科学过程十分重要。
但首先,Goudreault必须找到质粒———DNA的循环链。
在许多实验室,这项任务可能需要搜遍旧笔记本、过时的电子表格和已经落满霜冻的冰冻盒。
但在Goudreault的实验室,工作人员会使用OpenFreezer追踪试剂:OpenFreezer是一个免费的基于Linux的开源Web应用程序,可以用于保存和安全归档多个试剂文件———不仅包括质粒,还包括抗体DNA、RNA和蛋白质片段,支持多用户界面。
Goudreault只需要快速检索材料,然后检查储存库中被指明的盒子。
“我在15分钟内就完成了所有事。
”她说。
新武器层出不穷 Lunenfeld-Tanenbaum研究所研究人员KarenColwill和软件工程师MarinaOlhovsky开发出的OpenFreezer能帮助研究人员通过关键词或数据库识别符号筛选寻找样品,并根据物理位置识别试剂。
Colwill说,这一数据库目前已经在他们研究所用于记录多个实验室和用户的十几万个样品。
媒体报道称,用户可以自定义OpenFreezer,来跟踪和管理库存中任何类型的试剂,也包括质粒、插入片段、寡聚核苷酸和细胞株等。
研究人员还可以通过一个简单的Web浏览器连接上系统。
通过定期更新数据库,研究人员就能确保自己样品的安全归档,当然前提是存储样品的时候要登记下来。
不过Colwill也表示,这一系统能确保关键试剂的保存和寻找,实验室管理员可以要求研究人员进行常规的试剂保存,这样就能完善整个系统。
OpenFreezer是诸多用于简化实验室管理的计算机库存系统之
一。
这些系统的范围从为个人实验室提供的简单数据库到企业级别的系统,并且能用于调节预算支出。
还有一些程序被设计用于冷冻样品记录,另外一些可用于追踪化学用品或实验用动物。
一些程序还能帮助制定采购和设备清单,而一些仅限于简单描述。
但就一切情况而论,这些程序的目标是帮助实验室工作人员知道有什么资源可供使用以及哪里能找到它们。
一直以来,许多实验室追踪存货的方法不外乎利用活页夹中的纸张或电子数据表格。
当然也有人使用更复杂的数据库软件。
例如,上世纪90年代,当在加拿大西方大学建立实验室时,病毒学家JoeMymryk研发出了一个微软ess数据库,以追踪试剂。
2007年,他的毕业生AhmedYousef与美国普渡大学计算机专业毕业生IbrahimBaggili一起开发出一个用户友好、基于微软界面的系统:LINA(实验室库存网络应用)。
LINA能储存一系列试剂信息,包括细菌、酵母菌株和DNA片段等。
当新试剂被研发出来后,它们会被录入该系统,并获得一个独一无二的标识符。
然后,样本根据这些数字被储存在 “研究人员至少应对这样一件事有信心:他们不会再对实验室资源茫然无知了。
图片来源:ProjectTwins 冷冻库中,而使用者能利用关键字、来源和功能等信息进行寻找。
搜寻和“营救” 对于Mymryk而言,LINA最有用的功能是搜寻和比对DNA序列。
这意味着他能够进入一个基因序列,并检查程序库中是否包含任何能被用于放大它的寡核苷酸,而非订购新货物。
LINA免费且用法简单,这使其对小型分子生物学实验室尤其具有吸引力。
不过,更高级的选择也能免费使用。
负责管理美国韦尔斯利学院化学准备室的MarieEbersole准备将其基于电子表格的系统升级为Quartzy。
这是2009年推出的一种主要基于云端的免费实验室管理工具,利用这一工具,研究人员可以将其实验室试剂样品储存信息的Excel表格上传。
Quartzy的零费用让她尤为心动。
Ebersole主要使用Quartzy追踪固体和液体化学品。
除了库存管理,Quartzy也能用于管理试剂订购、标准操作程序指南等文档的存储和仪器的调度。
研究人员可以根据位置或样品信息进行搜索,也可以直接将采购请求提交给实验室管理员。
这种软件甚至可以提出所需试剂的替代价格方案,事实上,Quartzy已经与一些生命科学厂家合作,为研究人员提供相关的建议。
对于Ebersole而言,Quartzy不仅能提高实验室效率,还能降低成本。
“我已经节省了约1/3的预算。
”她说。
部分原因是浪费减少了:通过精确知道自己拥有哪些化学品,Ebersole能在购买新试剂前确保旧试剂被用完。
而且,在购买新试剂时,购入量也比之前减少了。
此外,研究人员的另一个选项是StrainC ontrol。
小型实验室的个体研究人员能免费使用该软件,但一个针对10位用户的专业许可证约79.95美元,而50位用户的许可证则要649.95美元。
所有的付费版本都能在计算机网络或云服务器上使用。
研发该软件的瑞典DNAGlobe公司外联经理KristofferLindell指出,尽管它的名字会让人们想起果蝇和老鼠,但StrainControl能协调大多数“湿实验室”生物学家的资源。
该软件目前拥有1.5万用户,能为不同的实验有机体种系、蛋白质、质粒、抗体和化学品提供支持,并且与其他工具一样,样本都匹配有条形码。
而且,Lindell表示,用户能根据需要对各个领域进行重新命名,结果是,StrainControl能用于编录无论与实验室是否相关的任何东西。
而新升级将允许用户添加1~2个新定制模块,而非仅仅重新配置现有模块。
另一个系统则相对更复杂。
例如,威斯康星州BioInfoRx研发的一个名为mLIMS的实验室信息管理系统能用于追踪啮齿类动物群体。
其他一些则能实现电子记事本连接。
例如,产品专家XavierArmand表示,Labguru是一个基于云的应用程序,能追踪质粒、细菌、抗体、植物、啮齿类动物和蛋白质以及一个内嵌式电子笔记本。
该程序由德国霍尔茨布林克出版集团资助研发,每位学术界用户每年的使用费为120美元,而产业实验室用户的使用费为450美元。
Armand解释称,通常,库存和实验室电子记录本会将每个样本与实验结果联系在一起,因此用户能追踪哪些试剂被用在了实验中。
“我们相信提供试剂和方法的高保真元数据,外加与实验数据的关联,将有助于提高再现性问题。
”他说。
它有助于研究人员更轻松地复制他们和其他实验室的发现。
整体互联 一些研究机构和企业则采取大规模集中存 货管理。
宾夕法尼亚大学环境健康和辐射安全 (EHRS)实验室花费数年时间将700个实验室 组转移到了同一系统CISPro上。
该系统由位于 加州的BIOVIA公司研发。
EHRS实验室安全 专家KimberlyBush表示,机构层面上的追踪能 帮助完成3个重要任务:报告合规、跨实验室材 料分享和大学层面的试剂监控。
“如果是700个 单独的库存系统,这是很难或不可能完成的。
” 她说。
2011年,EHRS收到来自佩恩绿色基金 (一个大学可持续性项目)的5万美元,用于 落实CISPro作为一项减少浪费和加强存货 管理计划的一部分。
但到目前为止,8个实验 室中仅有1个使用了该系统。
Bush表示,初次 推广并不顺利,而且库存追踪仍面临问题。
因 为大学的化学品进货并不经过中心实验室, 每个实验室必须经过培训制造并上传其库存 资料。
而且,生成数据库的过程是烦琐和易于出 错的。
例如,一种化学品可能有多个名字,数据 库建设和材料记录的不一致可能导致日后归档 困难,并致使不必要的再订购。
她表示,这样
来,许多用户实际上是主张使用两套程序,“但 这是重复努力”。
此外,CISPro
被设计赋予每个化学容器独 一无二的条形码。
但对于那些一瓶接一瓶消耗 试剂的用户而言,重复记录是一项冗长且复杂 的工作。
Bush表示,这样一来,用户可能会保留 和重新使用易燃物柜门上的少量条形码。
不过,无论使用哪种系统,研究人员至少应 对这样一件事有信心:他们不会再对实验室资 源茫然无知了。
(张章) 麦斯可皮洛部落居民
图片来源:JEAN-PAULVANBELLE 随着越来越频繁的曝光和两起死亡事故,秘 鲁政府近日宣布将尽可能地接触一个生活在亚马 逊雨林深处的孤立土著部落,并尝试对他们进行 帮助。
但有人担心该计划会对这个部落产生更大 伤害。
8月3日,该国政府宣布放弃这一计划,并表 示不会迈出接触的第一步,但会对该部落发起的 通话进行响应。
这一事件凸显了如何最好地帮助新发现部落 的国际争议。
这些部落缺乏对常见病的免疫力,并 且是地球上最易受伤害的人群。
“我们对这一形势 非常担心,它可能产生灾难性后果。
”秘鲁首都利 马
非营利组织ProPur俨s负责人FranciscoEs- tremadoyro说。
该组织致力于保护秘鲁东部居民和 环境。
人类学家和政府官员目前最担心的是生活在 马努国家公园的只拥有约30位成员的麦斯可皮 洛部落。
他们生活在马德雷德迪奥斯河边的密林 中,人类学家发表了自2014年以来拍摄的100多 张土著居民在河边的照片。
今年5月,麦斯可皮洛 人还曾袭击过附近的村庄,并杀死两名居民。
亚马逊河上游保护区执行主任ChrisFagan 说,尽管之前也出现过偷窃衣服、食物或砍刀之类 的事件,但盗窃这些昂贵且对他们没有用处的东 西却是一种不常见的“敌对”行为。
“我们发现秘鲁 巴西边界沿线这些原始部落人群的行为正在发生 显著的改变。
” 在过去几个月,部落居民也再三通过动作示 意、呼唤并接受河对岸居民的货物。
去年,有报告 指出传教士也曾给他们衣服和食物。
“你能看到河 边有人等着船只经过,要求给他们某些物品。
”秘 鲁政府部门人类学家
LuisFelipeTorres说,“他们 对香蕉、木薯、甘蔗、砍刀和壶格外青睐。
”Torres 认为他们“刻意与外界接触”。
目前,就何时和如何与孤立部落接触是人类 学家和保护组织间激烈争论的议题。
美国亚利桑 那州立大学人类学家KimHill和密苏里大学的 RobertWalker撰文指出“一个精心设计的接触计 划是十分安全的”,但英国“生存国际”组织则谴责 他们散播“危险和错误”观点。
(唐凤) 生态学家担忧新苏伊士运河带来环境风险 你的想法也会“污染证据” 专家呼吁法医实验室采用盲测防止司法鉴定错误 受到取证实验室不可靠结果的启示,一些司法科学家正在敦促其同事采用一种基本研究方法:盲测。
近日,在美国弗吉尼亚州阿灵顿市举办的首届法医科学错误管理国际研讨会上,近500名科学家、实验室主任和其他从业人员讨论了导致工作中发生错误的因素。
很多专家表示,其中的一个关键问题是,在犯罪现场做证据分析的人接触到一个案例信息之后,往往会在分析过程中产生偏见。
这种潜意识的影响来自于多个方面,英国伦敦大学学院认知神经学家ItielDror说。
它们会来自不相关的背景信息,比如犯罪的本质、嫌疑人或受害人的种族以及警察在调查中对嫌疑人过失的看法等。
它还可能来自于物理证据本身,例如,在分析犯罪现场之前看到嫌疑人的指纹,可能会改变一名罪证分析专家对模糊信息的解释。
“那是一种逆向推理。
”Dror说,“这里的麻烦在于,你不是通过身体污染了证据;而是在认知层面污染了证据。
” Dror一直对司法科学中缺乏盲测过程持批评态度。
他出现在这场由美国国家标准技术局(NIST)主办的会议上,已经有所暗示:经历过令人羞辱的10年教训之后,这个行业已迫切需要转变。
美国国家研究会(NRC)2009年的一份报告总结称,很多司法学科缺乏坚实的科学基础,而且会产生不一致、不可靠的结果。
作为回应,NIST和司法部曾召集了一个国家层面的司法科学委员会为强化该领域的科学基础提建议,同时召集了24个具体学科的专家给400多个美国取证实验室提出实质建议。
同时,许多由Dror领导的研究也表明,认知偏见会如何导致司法错误。
例如,DNA分析专家如果不知道参与一起轮奸案的施暴者可能参与另一起疑似案件,他们更可能会总结为,这名嫌疑犯的DNA并不存在于受害者的阴道中。
而另一项研究表明,至少对于未经训练的志愿者来说,接触过情感背景故事和犯罪现场照片之后,会让人们更容易把原本模棱两可的指纹和案件产生关联。
近日的会议探讨了抵制这种偏见的具体措施。
Dror的咨询公司曾给各种实验室———其中 指纹分析专家给细枝末节的指纹作注释,从而把已知指纹和得到的证据作对比。
图片来源:CULTURA 一些包括由联邦调查局(FBI)和洛杉矶警察署运行的实验室———授过课,他向这些实验室推荐了一种叫作线性顺序暴露的方法。
该方法于今年6月发表于《司法科学期刊》,Dror和其他6名司法科学家是该文章的共同作者,“这群人你一定会喜欢。
”他向参与的人保证说。
该文章建议,当产生新信息之后,分析人员应该被屏蔽掉和既有分析阶段不相关的一切信息,避免他们产生逆向联想。
例如,指纹鉴定师在看到嫌疑人的指纹之前,必须标记犯罪现场指纹的重要特征,并且在再次看到指纹之后,不能更改已标 注过的重要特征。
一些实验室已经把这些元素包含在其操作 过程中。
FBI指纹鉴定师要在了解相关背景之 前检测犯罪现场的指纹。
但是在不同学科和取 证实验室中均采用Dror提出的盲测方法仍有 一些障碍。
在一些情况下,诸如在哪里获取指纹 等背景信息可能会有助于分析人员更好地解释 证据。
“说明背景信息有好处,也有坏处。
”萨克拉 门托加州司法部法医服务局副局长
ElissaMayo 说,“而且,在什么样的信息才是背景信息上,并 没有绝对的边界划分。
”其中解决方法之一可能 是分派一名案例轮值主管,决定哪些信息可以 告诉鉴定师。
然而,在一些小型取证实验室中, 彻底盲测可能并不可行,因为那里的工作人员 不仅要在现场收集证据,而且还要在实验室中 对证据进行分析。
一个小组讨论会上的专家鼓励实验室主管 采取最保守的步骤:去除证据表中一些不必要 的现场记录,如采集样本分析对象的种族或是 他们在一场犯罪中的角色;并由另外一名盲测 分析人员核实那些存在困难的地方。
“别指望
下看到珠穆朗玛峰,一次一颗卵石就好。
”佐治 亚州陆军犯罪调查实验室指纹分析专家
Henry Swofford说。
尽管仍然存在诸多挑战,很多实验室已经 在期待为其雇员设置新的程序保障。
监管加州 若干家实验室司法操作的Mayo希望,可以为 管理人员和分析人员制定认知偏见训练标准。
“我们希望向前迈步,把事情做得更好。
”她说, “司法科学家也是科学家。
” (红枫) 2012年,美国军舰经过苏伊士运河。
图片来源:
U.S.NAVY 近日,埃及政府宣布,将给“全世界一份礼 物”。
一项耗资85亿美元的苏伊士运河扩张计划 将允许更多船只通过这个193公里长的水道,并 将红海和地中海间的航行缩短8小时。
苏伊士运 河官方希望新运河能将年度收入从2015年的53 亿美元提高到2023年的132亿美元。
但一些海洋生物学家并不赞成这种扩张。
他 们认为埃及政府在缺乏环境风险评估的前提下就 推动项目实施。
而且,去年18位科学家联名在《生 物入侵》期刊上指出,增加的船舶交通和35公里 更深的新水道,将增加入侵物种在两大水域间的 移动。
研究人员之前就估计,红海水域700多种外 来物种中约有一半经由这条运河来到这里。
一些 外来物种带来了巨大问题。
例如,绯鲵鲣取代了具 有经济价值的本土红鲣,同时具有侵略性的水母 堵塞了进水道。
“我不觉得会有海洋生物学家认为打开运河 但没有实施
(防止外来入侵物种措施)是个好主 意。
”以色列特拉维夫大学生态学家YoniBelmaker 说。
科学家表示,工程师可以通过制造咸水区域生 成一道屏障。
而美国威廉姆斯学院生物学家 JamesCarlton表示,扩大运河就像与地中海进行生 态轮盘赌。
“红海和印度洋有数百种物种,当它们 进入红海后,将具有经济毁灭性。
” 据介绍,埃及新苏伊士运河项目去年8月开 工,包括35公里新开凿河道以及37公里原有河 道的拓宽和加深。
实际上,运河扩建工程只是该国 政府计划建设的“运河走廊”的一部分,未来埃及 还计划修建运河相关地区的多个港口和成立工业 园区。
苏伊士运河是世界上最重要的海运通道之
一,也是埃及主要外汇来源之
一。
(张章)

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