Reaxys使用,Reaxys使用

金手指 3
反应检索技巧 |
2 提纲 •Reaxys的基本介绍和数据索引•Reaxys最新更新•Reaxys中的检索 ▪Reaxys中结构面板高级应用▪Reaxys中的高级反应检索▪Reaxys中的合成计划设计 •Reaxys检索小结
3 什么是Reaxys? >110M物质记录>500M实验数据物理的,化学的,光谱数据,生态学,生物活性数据 >47M反应记录以及这些反应的条件,溶剂,催化剂,收率,反应中心,反应类型 Linkedto >57M文献记录>16,000期刊,专利涉及有机化学,材料化学,生物医药,地球科学,工程等多种领域 Chemistryfundamentals Usesacrossdisciplines
4 Reaxys索引的内容—文献内容 Reaxys提炼了文献的书目信息,摘要,题录,并用不同角度的索引词对文献内容进行描述。
bibliographic Manual[digital]Indexing
5 Reaxys索引的内容—结构与反应 Reaxys的反应记录,抽提了所有相关的数据,包括收率,催化剂,溶剂,反应类型等
6 Reaxys索引的内容—文献中的数据 Reaxys的物性记录,抽提了超过500中不同的物性实验数据,生物活性数据,环境数据,以及谱图数据等等
7 Reaxys旨在弹指之间传递关键信息 全文或者第三方数据库的有用数据 过滤,去重,重塑 对应Reaxys的数据结构 重在索引文献中的有用信息 直观数据分析统计 |
8 提纲 •Reaxys的基本介绍和数据索引•Reaxys最新更新•Reaxys中的检索 ▪Reaxys中结构面板高级应用▪Reaxys中的高级反应检索▪Reaxys中的合成计划设计 •Reaxys检索小结 |9 20180702更新主要内容 •关键词检索的AutoSuggest•优化检索结果集界面•新增ChemdrawJS结构面板•QueryBuilder使用教程的加入•MarvinJS结构面板,使用教程的加入 |10 关键词检索的AutoSuggest •QuickSearch中输入KeyWord检索,会自动弹出建议的词语。
•使用建议词语检索,可以自动添加一些相关概念,用于获得全面结果 |11 优化检索结果集界面 •预览结果界面优化•当前界面可直接返回QuickSearch界面,进行检索式修改 直接当前页面返回QuickSearch页面进行检索式修改 新增结果类型图标,对结果类型的呈现更为直观 |12 反应结果集检索结果 |13 新增ChemdrawJS结构面板 •结构面板进入后,可以选择ChemdrawJS结构面板 下拉菜单选择ChemDrawJS |14 ChemdrawJS结构面板 •初次加载ChemdrawJS需要从网上下载插件,依据网速关系会耗费不等时间 •加载成功后,提示是否允许访问粘帖版,用于直接从Chemdraw复制结构 点击Allow |15 ChemdrawJS结构面板 •ChemdrawJS结构面板 可以按教程安装CopyPaste插件 |16 QueryBuilder使用教程的加入 •进入QueryBuilder可以看到QueryBuilder的使用步骤 |17 QueryBuilder使用教程的加入 介绍不同部分的使用方法 |18 MarvinJS结构面板,使用教程的加入 •MarvinJS结构面板使用教程 点击进入教程 |19 MarvinJS结构面板,使用教程的加入 提供了一些常见的功能的使用方法 |20 提纲 •Reaxys的基本介绍和数据索引•Reaxys最新更新•Reaxys中的检索 ▪Reaxys中结构面板高级应用▪Reaxys中的高级反应检索▪Reaxys中的合成计划设计 •Reaxys检索小结 Reaxys中MarvinJS结构编辑器使用 选择工具,橡皮,键定义,链, 重复基团,R基团,R基团链接端,反应定义工具,原子匹配工具 原子属性列表中常见的两个工具SMax表示在AsDraw检索时允许有最大取代数,SLock表示在AsSubstructure时的原子锁定 21 缩写官能团,通用官能团定义, 常见的环,常见的糖分子模板 元素周期表以及常用原子,A:原子属性定义工具 22 不定位取代键的使用•不定位取代键: ▪在选定的原子上进行基团的链接▪可以使用在链上,也可以使用在环上 3 2
1 绘制要求: 希望1,2,3C上存在一个NH2 绘制步骤:
1.用选择工具选择1,2,3号C原子,
2.添加不定位取代,系统默认添加CH33.将CH3换成NH2 23 NotList的应用•案例: ▪定义某位点上不能发生
F,Cl,Br,I取代 24 自定义R基团•案例 ▪定义一个结构A▪R1分别是下面的这些结构,结构中绿色原子与A结构相连接
A 25 绘制方法 •定义步骤: ▪使用R基团末端定义工具定义绿色原子▪使用R基团定义工具,选择全部片段,即可完成R1的定义 26 反应原子标记工具 Tips:
1.定义反应前后必须匹配的原子
2.建议将官能团展开后进行匹配
3.在定义原子匹配时,两工具等效。
27 缩写官能团,Reaxys的GenericGroup定义 Tips:
1.AbbreviatedGroup:提供一些 缩写的基团,直接键盘输入即可
2.ReaxysGenericGroup:提供一些通用官能团 28 GenericGroup定义—链的定义 Tips: ACY:任意的链 ABC:AYL:ALK:AEL: 任意C链(只含C原子)含有炔基取代的链含有烷基取代的链(饱和链)含有烯基取代的链 AHC:AOX: 含有杂原子的链烷氧基 其他带H的分别是,前面对应基团或
H 29 GenericGroup定义—环的定义 Tips: CYC:任意的环 CBC:ARY:CAL:CEL: 任意C环(只含C原子)芳香基(只含C原子)环烷基(饱和C环)环烯基(不饱和C环) CHC: HAR:CXX: 任意杂环含杂原子的芳香环不含C原子的环 其他带H的分别是,前面对应基团或
H |30 GenericGroup定义—GGroup定义 Tips:
1.G代表的是任意基团,GH表示的是任意基团或H2.G*和G的区别是,G*所连接的基团允许和母体成环,G不允许成环
1 2 思考:
3 4 AsSubstructure检索这个结构,哪些 结构可以被检索出来,如果不是G*, 而是G呢? |31 SMax和SLock •SMax:AsDraw检索时有效 ▪AsDraw时,所有的原子不允许有取代▪标记上,SMax,等同于在AsDraw时将这个位点全部开放 •SLock:AsSubstructure检索时有效 ▪AsSubstructure时,所有没有画出来的
H,以及没有延展出来的H都可以随意取代 ▪标记上,SLock,等同于该位点上只能是
H,起到锁定作用 AsDraw AsSubstructure 原子属性列表 |32 Tips:A:任意非H原子Q:任意非
C,H原子M:任意金属X:卤素AH:任意原子(含H)QH:任意非C原子(含H)MH:任意金属和HXH:任意卤素和HQueryprop:原子属性列表 Tips:蓝色标记的目前无功能S*等同于SLockS+/S-大多数情况下用的是S6,即SMax |33 一个很有意思的需求 亚结构可以检索到
1 4 CD B3 A 2检索要求:
1.吡啶上ABCD4个原子,都可以发生取代
2.但是AB两个原子不能发生稠环
3.即左侧1,2,3,4这4个化合物,化合物4不允许检索到
4.俗称,锁半环 |34 如果需要所有原子都不可以成环(即可以取代,但不能成环) •去除AdditionalRingClosure 去掉后,结构面板中所有的原子都不能成环 |35 锁半环的解决方案 •思考:是否允许成环•原子的标记,•rb*的定义,表示,在进行亚结构检索时,被标记的原子不能在成环 |36 案例的衍生…. •当前情况,AB不能成环,CD可以成环,也可以不成环 CD BA •如果要求CD原子一定成环 |37 一定成环的定义 •一定成环的条件 ▪CD原子上一定会在连接一个非H原子▪且该非H原子一定与CD相接的一定是一个环键 •所以…… |38 键属性的定义 •定义步骤 ▪右键点击需要定义的键,选择BondProperties▪在Topology中选择inring即可 |39 提纲 •Reaxys的基本介绍和数据索引•Reaxys最新更新(近期即将)•Reaxys中的检索 ▪Reaxys中结构面板高级应用▪Reaxys中的高级反应检索▪Reaxys中的合成计划设计 •Reaxys检索小结 40 CaseStudy1 •检索以下反应 ▪吡啶环上存在一个硝基,一个卤素,且这两个官能团处于邻位▪反应过后硝基还原成氨基▪定义难点:如果确保NO2和卤素处于邻位 41 Reaxys中的结构定义 结构定义: 1:使用两次不定位取代,将NO2和X定义在吡啶环上 2:使用原子映射功能,将反应前后的原子标记出来 3:AsDraw检索 不定位取代的定义1:选择需要链接基团的原子,用不定位取代健和不同的基团相连2:吡啶环上的5个C原子需要使用两次不定位取代,一次链接
X,一次链接NO2 检索到的结果 42 检索到的反应,存在NO2和X在邻位的,也存在对位的反应 43 如何对反应进行筛选 •想要的一定属于这个结果集的子集,可以直接使用过滤工具 44 输入限定的结构
1,打开元素周期表,选择AtomList定义
C,N2:在6元环上,将其余4个C全部换成List 45 添加结构后的界面 最后的结果 46 这种检索,出来的NO2和X都处于邻位 47 案例小结 •当结构中存在一些特定要求,无法一次定义完全的时候,可以采用分次定义的方式 •两次定义的结构,并不存在包容关系,这和通常意义上的限定不太一样 •采用这种限定拿到的结果,是单独检索这两个结构的交集•采用这种限定策略,限定结构时必须将原有结构删除 48 CaseStudy2 •复杂结构中的常见问题 ▪反应中心,只是一个简单的化学变化▪反应物/产物,结构复杂或者新颖▪需要选择性的氧化,还原,脱保护等 •检索符合以下条件的反应 ▪结构中存在Boc和苯甲醛▪反应后苯甲醛变成苯甲醇 49 Reaxys中的定义 1:亚结构检索2:添加环的保护,AdditionalRingclosures.3:S*,AtomMapping |50 Reaxys中的结果 在不做任何设置的情况下,会获得两个片段在不同结构中的反应 51 Reaxys在结构定义时直接定义碎片为一个整体 NewReaxys定义的时候,可以直接选择Fragments是否在一个片段中 52 最后的结果 从结构上看,所有的结构中都包含2个片段 |53 CaseStudy3 •检索以下的反应 •常规做法如下 |54 实际上的情况 •实际的情况 ▪由于空间位阻的问题,无法取代NH2▪由于砜也是一个离去基团,砜基团在第二步反应时脱落 •修改的思路 ▪先变成亚砜,取代NH2后,在变成砜 |55 常规的检索 |56 检索到的结果 常见的不符合要求的反应:
1.亚砜变成亚砜的
2.砜变成砜的
3.硫醚变成砜的 |57 问题解决出发点 •不符合要求的反应 •亚砜变成亚砜的•砜变成砜的•硫醚变成砜的 •原因分析 •S原子在进行检索时,价态的变化而导致 •如何解决 •Solution1:S*的应用•Solution2:v+/v-的应用 |58 Solution1:S*的应用 利用SLock将反应物,产物中的S锁定即可 |59 Solution2:v+/v-的应用 Tips:
1.V+/V-的定义,表示被标记的原子的价位
2.类似的情况还有,氮氧化合物 |60 最后的结果 |61 CaseStudy4 •检索以下反应,将Br变成羰基 检索到的结果 |62 符合要求不符合要求 |63 如何解决 •不符合要求的反应 ▪C=O在原来反应物中带过来▪不是在Br的地方换成C=
O •原因分析 ▪不定位取代的时候没有办法做原子映射 •如何解决 ▪Solution1:AsDraw能否解决?▪Solution2:AsSubstructure的话,如何筛选? |64 Solution1:换一个检索模式 •AsDraw检索同样结构 Tips:
1.使用AsDraw,可以使得Br变成C=
O,但也封闭了C=
O,NH2上的取代可能性
2.可以使用SMax标记C=
O,NH2,在进行AsDraw检索时,实现原子的开放
3.该检索结果,吡啶上只能有一个取代基 |65 检索结果 |66 Solution2:对于AsSubstructure结果的筛选 •利用结构进行筛选 |67 筛选的出发点 •问题的结症 •Br和C=O接在吡啶上的位置不确定,无法保证对应 •反应的共性 •但是Br,C=O都是接在C上,且该C原子一定在一个芳环,或者一定要有一个不饱和键 •筛选的结构 •基本上反应中心如下 如何绘制 |68 Tips:
1.如果对于C原子有要求,可以带上U的定义,
2.如果没要求,也可以不画 |69 添加筛选后的界面 |70 最后的结果 |71 提纲 •Reaxys的基本介绍和数据索引•Reaxys最新更新(近期即将)•Reaxys中的检索 ▪Reaxys中结构面板高级应用▪Reaxys中的高级反应检索▪Reaxys中的合成计划设计 •Reaxys检索小结 72 Reaxys中的合成计划 •给吉非替尼制定合成计划•Step1:检索到吉非替尼•Step2:导入合成计划 Tips:1:通过前述的操作找到物质2:点击Synthesize图标3:打开SynthesisPlan,这里选择手动 73 SynthesisPlan—添加感兴趣的反应•可以添加多条反应在一个Plan中,用于比较 74 添加好的结果界面 75 继续的扩充反应路线 Tips:在SynthesisPlan上可以对任意一个物质进行同样的Synthesis的操作,可以将更多的反应添加进来 最后的结果 76 可以对SynthesisPlan进行导入,导出或者保存等操作。
|77 获得物质的商业信息 |78 提纲 •Reaxys的基本介绍和数据索引•Reaxys最新更新(近期即将)•Reaxys中的检索 ▪Reaxys中结构面板高级应用▪Reaxys中的高级反应检索▪Reaxys中的合成计划设计 •Reaxys检索小结 Reaxys反应检索小结 •AsDraw检索和AsSubstructure检索的区别•结构面板上的一些功能,必须配合不同的检索模式才能实现,如
S Max,SLock•Reaxys的结构面板给予用户更多的自由度,可以实现原子,键的各 类属性定义。
•Limitto和Exclude的处理,帮助用户用最简便的方式,去实现对需要, 和不需要结果集的获取和排除•反应检索遇到困难时,多思考下共性,看如何用结构面板解决,更多 的是可以反向思考,如何排除不需要的答案•有问题,欢迎随时交流。
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